El municipio de Pájara toma su indicación del pueblo del mismo nombre, que se convirtió en cabecera al fundarse la jurisdicción parroquial y la demarcación municipal. Los orígenes de Pájara como municipio, se remontan a comienzos del siglo XVI surgido por asentamientos de ganaderos y pescadores.
Hasta la actualidad no se conoce con precisión el origen del nombre Pájara, ni el motivo por el cual se empleó este vocablo para denominar a esta zona del sur de Fuerteventura. Se ha pensado que la explicación puede hallarse en la multitud y variedad de especies de pájaros emigrantes, que en el pasado anidaban en este territorio.